国内で船・飛行機に乗せる時に必要な許可証ですので、国内移動が無い場合は必要ありません。
私の場合はボホール→マニラが国内移動なので必ず必要となる許可証でした。
直行便でも乗換え(例:ボホール→セブ→マニラ)でも1通のみ取得すれば、通しで使うことが出来るとのこと。
乗換えで行く場合は、取得する際にその旨申告してくださいということでした。
Local Shipping Permitは7日間有効です。
Local Shipping Permitはオンラインでも申請可能になりましたが、私は利用しませんでした。
参考:Local Shipping Permitの申請はオンライン必須なのか?
これはCarrierのところがBoatとありますが、船、飛行機の乗り継いでいく場合は、Boat, Planeと記載されると思われます。
※私は結局乗り継ぐことはなかったので、乗り継ぎ用を取得することはありませんでした。